Префектура Ґіфу займає територію історичних провінцій Міно та Хіда. Обидві провінції розташовувалися на перехресті між Західною і Східною Японією. Перша мала тісні зв'язки з землями південного Східноморського краю, а друга — з землями Північноземного краю. Префектура має насичену подіями історію. Тут неодноразово вирішувалася доля країни, як під час смути Дзінсін 672 року і битви при Секіґахара 1600 року. Сама назва Ґіфу походить від замку-резиденції Оди Нобунаґи, національного героя, який започаткував процес об'єднання японської держави.

Більшу частину префектури Ґіфу займають гори, висоти та пагорби. На півночі й сході пролягає гірський хребет Хіда, висота вершин якого коливається між 2500 — 3000 м. Тут знаходиться об'єкт Світової спадщини ЮНЕСКО історичні поселення волості Сіракава і Ґокаями. Найбільша рівнина Міно, складова великої Міно-Оварійської рівнини, розташована на південному заході. Вона є політичним, економічним та суспільним центром префектури. Тут розташовані адміністративний центр — Ґіфу, а також найбільші міста — Оґакі, Кані й Какаміґахара. Рівниною протікають великі річки — Наґара, Кісо, Ібі та Хіда. На річкових островах існують численні, оточені земляними валами поселення, висота яких нижче рівня моря